大学办学自主权是有限的
大学治理是国家治理体系的组成部分。国家治理体系的主导是政府，以政府为核心的治理，仍然是当前治理的关键。作为社会组织成员之一的高等学校，首先应该强调的是高校对于国家治理指导思想、战略目标、方针政策和法律法规的理解、把握、贯彻和执行能力，在教学、科研、社会服务、文化传承方面做出更大的成绩。同时使大学回归本原与本位，按照大学的本来面目去治理大学，完善中国特色现代大学制度。界定政府与大学之间关系的关键之一是高校办学自主权性质的确立。高校与政府的关系，大陆法系尤其是德国认为是特别权力关系，高校是独立机构，国家对高校采取的措施，高校对学生的处理，不受法律监管，法院也不受理高校的官司。美国自由主义学派的专家认为高校是自发自主组织，这类组织有其生存发展机制，不需要包括政府在内的其他机构去管理。包括中国在内的一些国家，认为高校是独立法人组织，是自主活动的民事组织。必须看到，高校办学自主权是行政权的一种形式，是与行政权协同产生的，只不过不是由国家行使这种权力，而是由高校自主行使权力。高校办学自主权的确立，涉及自主权与行政权的协调，防止管理无序；自主权与约束权的协调，防止盲目发展；自主权与监督权的协调，防止违法腐败。高校办学自主权是有限度的，不是国家法律体系之外的权力。
利益是大学治理的基础
大学治理的结构体系是利益关系、权力关系和权利关系相互联系、整体构成的有机系统。大学治理涉及利益、权力和权利三个层面的关系。过去我们研究大学治理，往往偏重于权力与权利，而对利益却较少言及。其实，与其他经济组织和社会组织一样，高校成员之间的利益关系及其结构是大学治理体系的基础。
利益是大学治理的基础。高校组织体系与成分构成具有复杂性与多样性，高校既有学术科研单位、行政单位、后勤服务单位，还有附中、附小、出版社等，有的还有校办产业集团；从人员构成看，有教师群体、学生群体、行政管理干部、后勤服务人员，还有其他一些集体成员，其中既有学术泰斗级的院士、教授，也有文化程度不高的初高中毕业生，有正在成长中的少年与青年，也有白发苍苍的老人。各群体成员不同的属性、内容、层次，使得它们的利益要求和利益关系呈现出结构性构成状态，即不是平面的而是多元立体的利益关系。与此同时，与企业组织不同，高校属于利益相关者组织，政府、社会对高校都有一定的利益诉求，作为公立大学，政府是投资者和主办者，社会也以一定形式参与高校治理，它们的利益要求使得高校的利益关系进一步复杂化。
权力是大学治理的关键
权力是大学治理的关键。在利益关系结构基础上，高校主要形成了学术权力关系与行政权力关系，以及与之相联系的政府与大学的关系，大学内部各种权力关系。大学治理的外部权力关系主要是大学与政府、社会的关系，如前所述，大学是独立法人组织，依法按教育规律自主办学，形成了大学与政府、社会之间的权力边界；大学治理的内部权力关系是校内各种利益之间的权力博弈，主要表现为学术权力与行政权力的关系，这种二元权力结构决定了高校治理必须考虑到二者的平衡，既要防止行政权力对学术事务干预太多，又要防止学术权力对于行政权力的抵制，影响行政机构和行政人员按照规章制度去解决各种问题。
权利是大学治理的保障
权利是大学治理的保障。权力关系主要体现在组织层面，权利主要体现在个体层面。传统上，我们在讨论大学管理与大学治理时，比较强调作为组织层面的权力架构，如我们经常讲的学术权力与行政权力，但较为忽视了学术权力、行政权力是一种集体权力，是组织层面的权力，虽然很重要，但作为个体的法定权利也很重要。比如，学术权力是一种集体权力，是通过学术委员会的组织形式予以保障和实现的。但学术委员会毕竟是由少数教授所组成的，教师个体的意志有时难以反映与体现，特别是学霸和学术垄断行为的出现，更使得学术权力难以反映教师群体的利益。为此，每个教师个体的权利是十分重要的，要有保障、申诉、反映的渠道和空间。同样，作为学校的学生和职工也应该在治理框架内有渠道和机构去反映、表达、维护、申诉自身的利益。
制度体系既有权力运作也有治理运行
大学治理的制度体系是确立权力运行的规则和机制，是利益实现和分配的制度设计，既包括权力运作的规则体系，也包含治理运行的组织体系。制度体系包括：党委统一领导学校工作，校长主持学校行政工作，健全党委与行政议事决策制度，完善协调运行机制，加强组织领导。领导权力、决策权力在党委会和党委常委会，我国公立高校实行党委领导下的校长负责制；行政权力在学校的校长办公会，党委领导、校长负责，校长办公会是行政的执行和落实的中枢所在；学术权力在学术委员会，确立了学术与行政的权力分解，学术委员会是学术最高权力机构；民主办学体现于教职工代表大会和学生代表大会的制度设计，保障了教师利益问题和学生利益问题；理事会（董事会、校务委员会）是社会机制在高校治理制度中的反映，解决了学校与社会的关系问题。同时，制订与颁布大学章程，通过建章立制，确保学校依法办学、依法行政、依法治校。党委会及其常委会、校长办公会、学术委员会、教职工代表大会及学生代表大会、董事会（理事会、校务委员会）构成了大学治理的制度体系，形成了较为完善的大学内部治理结构。
价值体系、制度体系、行动体系的关系
大学治理的运行体系包括行动体系和价值体系，是确保制度体系的落实。在三者关系中，价值体系是导向，制度体系是根本，行动体系是保障。所谓行动体系，是指行政权力主体、学生权力主体与个体权力主体之间的互动关系。高校行政权力与学术权力属于两种不同性质的权力主体，也是两种不同文化在高校组织中的反映，二者如何互动，是高校治理中的难题。过去的高校管理，往往忽视了个体的参与、协商、沟通、表达与申诉等，组织层面的权力代表了部分人的利益与诉求，但很难涵盖每个人的利益诉求与发展愿望。需要实现个体权利主体与组织权力主体的良性互动，确保个体权利指向组织权力的行为的有效表现。所谓价值体系，是高校治理的思想理念、价值规范和道德规范的总体构成，也是个体权利得以确立和保障的价值体系。高校治理的价值体系要体现教育规律和办学规律，体现国家教育方针政策，体现国家战略与社会需求，确保按照政府、学校和社会的利益最大化逻辑来确立行使权力和职责，不能因为个别利益驱动而导致价值异化、组织异化、权力异化，使权力沿着正确的轨道前行。同时，在此基础上，形成学校成员广泛的自觉的价值认同，形成对于学校治理的认可支持。
大学治理主体包括集体与个人两个层面
大学治理的主体是谁？大学的利益相关者包括教师、学生、职工、管理队伍、校长、政府，与学校有合作关系的当事人，如科研经费提供者、产学研合作者，贷款提供者，以及当地社区和社会公众等，这些利益相关者都有可能成为大学治理的主体，使得大学治理的主体越来越多元化。但是，大学是学术组织，拥有学术自主权，政府只有简政放权，转变职能，让高校按规律自主办学，才可能使大学治理成为可能，社会各界也可以介入大学治理，但这只是承担了一种间接的特殊责任。大学治理的主体是高校的教师，行政管理人员以及学生。从权力与权利角度可看，大学治理的主体应该包括集体与个体两个层面，集体层面包括学术权力主体、行政权力主体，个体层面包括个体权利主体。高校师生员工生于斯，长于斯，高校职能的实现要依靠他们才能开花结果，落到实处，治理的效果如何是在他们身上体现出来，靠他们的努力与奋斗才能变蓝图梦想为实践成就。故检验现代大学治理体系建设的成效，最根本的不是在于其治理机构与机制是否科学合理，制度设计多么完美，而在于需要认真审视治理过程中各个主体的关系状况，是否调动了师生员工的能动性与主动性，是否实现了学校预设的奋斗目标与价值追求，衡量实践与价值初衷间的吻合程度。大学治理所需要的是基于学校师生员工所共同认可的广泛的自觉的价值认同，既要防止行政权力过大，也要防止学术权力异化。
总之，大学要完善治理结构，提高治理能力，就需要在国家治理的语境下来理解大学治理的内涵与体系建设，领悟大学治理中学术权力重塑的初衷，理性反思行政权力主导的成效得失，认真审视大学治理的内在逻辑关系，一条能够解决我国大学治理困局的改革之路，将会日益清晰地显现出来。